Manipulé par Code, Jûbi évolue vers un shinju doté d'une conscience. De son côté, Boruto est de retour au village lorsque Mitsuki l'attaque. Quant à Sasuke, il est absorbé par un arbre.
Lors du combat contre Kashin Koji, Isshiki Ôtsutsuki apparaît enfin sous sa véritable apparence. Pour graver à nouveau un kâma sur Kawaki, et réaliser sa résurrection, Isshiki attaque Konoha !!
En rencontrant le seigneur Motonaga Miyoshi, qui partage les mêmes aspirations que lui, Kuhé prend conscience de ses propres faiblesses, son manque de force et d'expérience.
La suite des aventures de Kuhé, un orphelin de 14 ans en charge de son frère cadet Jinsuke dans le Japon de l'époque Sengoku. Dans un monde en guerre, il poursuit le rêve de créer un havre de paix.