Surgies des flots, des hordes de créatures monstrueuses déclenchent une guerre qui fait des millions de victimes et épuise les ressources naturelles de l'humanité.
Dans un avenir proche, un pirate informatique du nom de Néo, découvre grâce à Morpheus que la réalité n'est qu'une immense simulation créée par la Matrice, réduisant l'espèce humaine en esclavage.
Pour savoir avec certitude si sa réalité propre est une construction physique ou mentale, et pour véritablement se connaître lui-même, M. Anderson devra de nouveau suivre le lapin blanc.