Le monstre le plus célèbre au monde devra affronter des créatures malveillantes nées de l'arrogance scientifique des humains et qui menacent notre existence.
A l'aube de l'humanité, des singes découvrent un Monolithe noir. Quatre millions d'années plus tard, le docteur Floyd va sur la lune pour enquêter sur un Monolithe noir qui émet des signes mystérieux.
20 ans après la destruction de la civilisation moderne, Joel, un survivant endurci, est engagé pour faire sortir Ellie, une jeune fille de 14 ans, d'une zone de quarantaine oppressante.