Au lendemain de Noël 1999, Charlotte Meyer, une petite fille de 11 ans, disparaît sans laisser de traces. Le capitaine Pierre Castaing, en charge de l'enquête, échoue à la retrouver...
Deux cousins aux caractères diamétralement opposés - David et Benji - se retrouvent à l'occasion d'un voyage en Pologne afin d'honorer la mémoire de leur grand-mère bien-aimée.
Finalement, Lila est devenue la femme de Stefano. Alors qu'elle essaie de trouver ses marques dans ce mariage, Elena, elle, quitte Naples, pour rentrer à l'université de Pise.
Octobre 1944, Auschwitz-Birkenau. Saul Ausländer est membre du Sonderkommando, ce groupe de prisonniers juifs isolé du reste du camp et forcé d'assister les nazis dans leur plan d'extermination.
L'Amie prodigieuse raconte l'histoire d'Elena Greco, qui suite à la disparition de sa plus vieille amie, Lila, décide d'écrire le récit de leur rencontre, alors qu'elles étaient toutes les deux en pre