Donovan Chalmers, le PDG milliardaire d'une entreprise de technologie de pointe, fait appel à des mercenaires pour protéger un programme informatique très puissant, le Project 725.
Contraints à la clandestinité, Hughie, La Crème, Frenchie et Kimiko essaient tant bien que mal de s'adapter à cette vie de cavale, Billy Butcher restant pour sa part introuvable.
Après avoir échappé de justesse à une catastrophe ferroviaire, l'agent Ethan Hunt découvre que « L'Entité », une intelligence artificielle renégate, est dissimulée à bord d'un ancien sous-marin russe.