Toutes les adorables créatures de Madagascar sont de retour : le lion Alex, le zèbre Marty, la girafe Melman, l'hippopotame Gloria, le Roi Julien, Maurice et les pingouins...
Devenus de jeunes mariés, Shrek et Fiona rentrent de leur heureuse lune de miel. Ils sont invités par les parents de Fiona à venir dîner dans leur royaume, à Far Far Away.
Shrek doit absolument trouver un héritier pour le trône de Fort Fort Lointain s'il ne veut pas finir avec la couronne... Le héros s'embourgeoise mais restent quelques moments de pure drôlerie...
De retour d'Afrique, Alex et ses amis aspirent enfin à rentrer chez eux... Mais un détour par l'Europe leur offre la couverture idéale : un cirque ambulant dont ils deviennent les héros...
Harold est maintenant le chef de Berk au côté d'Astrid et Krokmou, en tant que dragon, est devenu le leader de son espèce. Ils réalisent enfin leur rêve de vivre en paix entre Vikings et dragons.
Regrettant le temps où il semait la terreur dans le royaume, Shrek accepte la proposition du sournois Tracassin qui l'envoie dans un monde parallèle où les ogres sont pourchassés et où Fiona n'est plu