Une jeune chouette, fascinée par les récits que lui raconte son père sur de mythiques guerriers ailés, est enlevée par une troupe de chouettes malveillantes...
Devenus de jeunes mariés, Shrek et Fiona rentrent de leur heureuse lune de miel. Ils sont invités par les parents de Fiona à venir dîner dans leur royaume, à Far Far Away.
Regrettant le temps où il semait la terreur dans le royaume, Shrek accepte la proposition du sournois Tracassin qui l'envoie dans un monde parallèle où les ogres sont pourchassés et où Fiona n'est plu
Maltazard a réussi à se hisser parmi les hommes. Son but : former une armée de séides géants pour imposer son règne à l'univers. Seuls, Arthur et ses amis semblent en mesure de le contrer...
Ayant abandonné la super-criminalité et mis de côté ses activités funestes pour se consacrer à la paternité et élever Margo, dith et Agnès, Gru doit se trouver de nouvelles occupations...