XVIIe siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu'il tentait de répandre les enseignements du catholicisme.
Dans une ultime tentative pour contrecarrer un complot et une terrifiante catastrophe, les autorités décident d'implanter la mémoire et le savoir-faire d'un agent de la CIA décédé dans le corps d'un c
Dans la Pologne des années 1960, avant de prononcer ses voeux, Anna, jeune orpheline élevée au couvent, part à la rencontre de sa tante, seul membre de sa famille encore en vie.