Sakura, Léon et Logan participent à un stage d'arts martiaux. Ils découvrent dans une boîte trois anneaux magiques ayant appartenu à d'anciens guerriers samouraïs, Hiro, Eiko et Ako.
La deuxième tentative d'Athéna pour récupérer le Palladion et retrouver enfin Pallas s'est terminée dans un bain de sang. Troie a été saccagée par Héraclès et son armée.
Au décès de leur père, le lycéen Auguste et Césarine, sa petite soeur autiste, sont plongés malgré eux dans une guerre secrète opposant depuis des siècles la Confrérie et les Autodafeurs.
L'ADN de Kassandre, de Mina et de Gerog est mutant, ce qui leur permet d'avoir des pouvoirs redoutables. Cependant, ils sont sans cesse traqués par des malfaiteurs, mafieux ou scientifiques.
Après la mort de Mina, Biomedicare continue de traquer les génophores. Ces derniers ne peuvent plus fuir et doivent mener leur ultime bataille pour mettre fin à la propagation du virus et se libérer.