Mash et ses camarades célèbrent leur victoire face à Magia Lupus lorsqu'un sbire de la mystérieuse organisation Innocent Zero fait irruption à leur fête.
Des milliers d'années après que l'humanité toute entière a été changée en pierres, Taiji, un jeune lycéen tokyoïte, se réveille et décide de rebâtir la civilisation à partir de rien avec son ami Senku
Les humains apprivoisent des monstres appelés Kaiju, apparus sur Terre il y a vingt ans, grâce à des dresseuses professionnelles qui utilisent leur voix pour les apaiser.