Accompagné de Taran, son grand rival, Sacha est transporté au temps des Mayas. Malgré leurs différends, ils doivent faire équipe pour retrouver le père de Sacha qui a mystérieusement disparu.
Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le coeur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques.