La suite des aventures de Naruto, ce garçon solitaire au caractère fougueux, à la recherche du secret de sa naissance et toujours à la conquête de la plus grande distinction dans l'ordre des ninjas :
Vingt candidats s'affrontent dans des duels au sommet afin de pouvoir participer à la troisième épreuve. Lee affronte le redoutable Gaara, qui peut commander le sable contenu dans sa jarre.
1333, Kamakura. Au terme d'une insurrection, Hôjô Tokiyuki, jeune garçon dont le destin était d'hériter du shogunat, perd tout : sa famille, sa ville natale, les partisans de son clan...
Ogasawa Sadamune, le gouverneur de la province de Shinano, traque les survivants du clan Hôjô et s'invite dans la partie de tir au chien du sanctuaire de Suwa !