Matilda, douze ans, adore les sciences. Ses héros sont Léonard de Vinci et Marie Curie, et elle passe son temps à imaginer et fabriquer des inventions de toutes sortes.
Une espionne surgie du passé, une clé mystérieuse au pouvoir redoutable, une organisation fanatique ivre de vengeance, un choix amoureux aux conséquences désastreuses.
Sakura, Léon et Logan participent à un stage d'arts martiaux. Ils découvrent dans une boîte trois anneaux magiques ayant appartenu à d'anciens guerriers samouraïs, Hiro, Eiko et Ako.
Tout semble bien fini pour les Espions de Famille : Amédée est sorti de l'hôpital en piteux état, Alex et Leïla ont été radiés des services secrets... et leurs parents s'opposent à leur relation.