Super Mario Maker 2 est un jeu de plates-formes dans lequel le joueur peut créer ses propres niveaux, en plaçant les décors, pièges et ennemis de son choix avant de le partager en ligne.
Un soir, Airi Nishina, une lycéenne de deuxième année, se fait enlever par des inconnus. Elle se réveille enfermée dans une étrange pièce souterraine avec d'autres élèves.