Les classes de seconde A et B sont cernées par l'escadron Genesis et les professeurs ne sont pas assez nombreux. Eraser Head décide alors d'autoriser les élèves à se battre.
Des milliers d'années après que l'humanité toute entière a été changée en pierres, Taiji, un jeune lycéen tokyoïte, se réveille et décide de rebâtir la civilisation à partir de rien avec son ami Senku