Sammy et Ray, deux tortues de mer, amis depuis toujours, ont la belle vie le long d£une barrière de corail, guidant leurs nouveaux nés Ricky et Ella au cours de leurs premiers pas en mer.
Alors qu'ils traversent une forêt, Sacha et Pikachu découvrent un jeune garçon inconscient, Sammy, et le légendaire Pokémon Célébi, blessé. Les deux compagnons viennent du passé.
A l'heure du départ pour la grande migration, Darius, le doyen de la volée est blessé et va devoir confier tous ses secrets et le nouvel itinéraire du voyage au premier oiseau venu. Et cet oiseau...