Cette nouvelle aventure démarre lorsqu'une cyber-attaque révèle l'identité de tous les agents britanniques sous couverture. Johnny English devient alors le dernier espoir des services secrets.
Donovan Chalmers, le PDG milliardaire d'une entreprise de technologie de pointe, fait appel à des mercenaires pour protéger un programme informatique très puissant, le Project 725.
Alors qu'ils traversent une forêt, Sacha et Pikachu découvrent un jeune garçon inconscient, Sammy, et le légendaire Pokémon Célébi, blessé. Les deux compagnons viennent du passé.