Durant la Renaissance, à Florence. Arte est une jeune aristocrate passionnée par le dessin et la peinture. Son père l'encourage vivement alors que sa mère dénigre ses activités.
Paris, fin du XVIIIe siècle. Issue de la bourgeoisie, Sophie Germain, 12 ans, possède une intelligence remarquable. Elle aime résoudre des problèmes et des mystères en utilisant les mathématiques.
Les humains apprivoisent des monstres appelés Kaiju, apparus sur Terre il y a vingt ans, grâce à des dresseuses professionnelles qui utilisent leur voix pour les apaiser.