L'année scolaire touche à sa fin et les soeurs doivent faire face à de nouveaux défis. Emma et Jake commencent un stage, elle dans un magasin d'articles de danse, lui dans une société de production.
Manipulé par Code, Jûbi évolue vers un shinju doté d'une conscience. De son côté, Boruto est de retour au village lorsque Mitsuki l'attaque. Quant à Sasuke, il est absorbé par un arbre.