Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.
En quête de puissance, Sasuke s'élance sur Naruto, son ami le plus cher, avec une détermination redoutable, pour le tuer. C'est le choc entre l'Orbe Tourbillonnant et les Mille Oiseaux.
La suite des aventures de Sawyer Riseman qui voyage sans but précis, aidant les villageois à se débarrasser des monstres qui envahissent la Terre tout en portant sur son dos un cercueil renfermant la
Conan et ses amis ont fait la connaissance de Rena Mizunashi, une présentatrice de la télévision. Et voilà qu'ils découvrent qu'elle fait partie de l'organisation des hommes en noir.
Dix ans plus tôt, alors que Shinishi et Ran sont en salle d'étude, un mystérieux garçon, affirmant être le petit frère de Shinishi, leur soumet une énigme : calmer la colère d'Haido.