L'expérience 626 s'échappe d'un vaisseau de patrouille, qui s'écrase par la suite sur l'archipel japonais d'Okinawa. Stitch se retrouve alors chez la petite Yuna.
Le détective lycéen Shinichi Kudo est contraint de prendre un pseudonyme, Conan Edogawa (combinaison de Conan Doyle et Edogawa Rampo, créateur du roman policier japonais), pour pousuivre son enquête s