Aux confins d'une forêt insulaire japonaise vit un ours qui a été séparé de sa famille dès son plus jeune âge. Un jour, une corneille venue de la ville arrive à ses côtés.
Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.
L'histoire de deux sorcières prétendantes au poste de reine du Royaume magique. Mais avant cela, elles doivent faire un séjour chez les humains afin de s'emparer du coeur d'un maximum de garçons.
L'intervention de l'équipage des géants apporte une lueur d'espoir à Luffy et ses amis dans leur tentative de s'évader de l'île futuriste, mais c'était sans compter l'arrivée des cinq doyens venus leu