Pendant deux ans, Naruto et ses compagnons ont poursuivi leur formation et sont désormais au premier rang de la lutte contre Akatsuki, une organisation secrète qui cherche à s'emparer du pouvoir des B
Naruto exécute l'Orbe Shuriken. Il doit maintenant affronter le terrible Kakuzu. Pendant ce temps, Sasuke affronte Orochimaru et le combat s'annonce d'une sauvagerie inouïe.
La suite des aventures de Naruto, ce garçon solitaire au caractère fougueux, à la recherche du secret de sa naissance et toujours à la conquête de la plus grande distinction dans l'ordre des ninjas :
Sous l'égide de Kakashi, Naruto commence un entraînement intensif qui vise à lui procurer la force nécessaire afin de ramener définitivement au village son ancien compagnon.