Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.
Naruto, Sasuke et Sakura ont réussi la deuxième épreuve. Ils se préparent pour la troisième. Mais avant, il y a une présélection. Kabuto déclare forfait.