La suite des aventures de Naruto, ce garçon solitaire au caractère fougueux, à la recherche du secret de sa naissance et toujours à la conquête de la plus grande distinction dans l'ordre des ninjas :
Sasuke abandonne ses compagnons et quitte Konoka. Le nouveau Hokage ordonne à Shikamaru, récemment promu ninja, de convoquer Naruto, Neji, Kiba et Chôji pour former un commando.
Lors d'une soirée costumée sur un vaisseau fantôme à laquelle Kogoro et Sonoko sont invités, le capitaine, hôte de la soirée, est tué sous leurs yeux et à la surprise générale, Shinichi Kudo apparaît.