Six mois se sont écoulés depuis la catastrophe, impliquant Kyogre et Groudon. Rouge et Bleu embarquent pour les Îles de Sevii sur les traces du Professeur Chen.
Justin et Libby Denbe semblent mener une vie parfaite avec leur adolescente de quinze ans et leur luxueuse maison de Boston, jusqu'au jour où tous trois se volatilisent.