New York, XIXe siècle. L'agence Pendergast, organisation secrète établie sous Ellis Island, a pour mission d'intercepter toute créature paranormale qui arrive dans la ville parmi les immigrants.
Barnabé le blaireau, Constance la tortue et Claire la taupe explorent leur petit univers pas plus grand qu'un jardin, persuadés de partir pour le bout du monde.