Dix ans plus tôt, alors que Shinishi et Ran sont en salle d'étude, un mystérieux garçon, affirmant être le petit frère de Shinishi, leur soumet une énigme : calmer la colère d'Haido.
Boruto, considéré comme un traître ayant assassiné Naruto, est recherché depuis trois ans. Il refait son apparition lorsque Code et les sbires de crasses attaquent le village caché de Konoha.