Après un an et demi passé dans le paisible village de Toal, le jeune Link peut être fier de lui : sa gentillesse, son courage et sa dévotion lui ont permis d'être totalement intégré dans cette communa
Tandis qu'Alysia est toujours sous la menace d'une destruction, les Légendaires sont retenus dans la cité de Jaguarys et Gryf fait face au souverain des Jaguarians qui lui révèle être son frère.