A nouveau réunis sur l'île, les quatre cousins accueillent les wombats commandés par Frida. Cependant, des hommes aux mines patibulaires viennent les déranger.
Pendant deux ans, Naruto et ses compagnons ont poursuivi leur formation et sont désormais au premier rang de la lutte contre Akatsuki, une organisation secrète qui cherche à s'emparer du pouvoir des B