Samuel, 10 ans, se confie à son journal intime. Dans cette chronique de sa vie, il évoque l'amitié, la jalousie, son premier amour, le deuil mais aussi un problème dont il n'ose parler à personne.
"Au dodo !" raconte, à travers différentes techniques d'animation, le moment du coucher de quelques-unes des espèces les plus adorables et mystérieuses du monde animal.