Boruto, considéré comme un traître ayant assassiné Naruto, est recherché depuis trois ans. Il refait son apparition lorsque Code et les sbires de crasses attaquent le village caché de Konoha.
Naruto, Sasuke et Sakura ont réussi la deuxième épreuve. Ils se préparent pour la troisième. Mais avant, il y a une présélection. Kabuto déclare forfait.
Avec Sasuke et Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école de ninjas de Konoha, un village caché, réussit avec brio le test de survie imposé par maître Kakashi.
Un second kira, dont les méthodes sont celles de Light, a fait son apparition. Au quartier général d'enquête, L. contacte Light pour lui demander sa collaboration.
L. et Light se livrent un duel silencieux par l'intermédiaire des caméras cachées dans la maison de Light. Celui-ci parvient à démontrer son innocence par l'intermédiaire d'un stratagème, mais L.