Tandis que la dernière épreuve de l'examen pour intégrer les forces de défense arrive à son terme, un mystérieux kaiju humanoïde ressuscite le principal monstre que Kikoru venait d'éliminer.
Les membres des Forces de Défense repoussent un raid aérien sur la base de Tachikawa. Le vice-commandant Hoshina libère sa puissance maximale pour affronter le méga-kaiju qui dirige l'attaque.
Kafka a été démasqué et capturé par les Forces de Défense, qui le considèrent comme une menace. Il se retrouve face au directeur Isao Shinomiya venu en personne procéder à son exécution.
Une nouvelle fois confronté à une attaque du Kaiju nº9, Kafka ne parvient pas à se transformer. Tandis que Kikoru le rejoint, il réalise qu'une peur inconsciente le retient.