Les kijûs, de gigantesques êtres monstrueux, ont fait leur apparition au Japon, détruisant et dévorant tout sur leur passage. Un simple coq est cependant déterminé à sauver le monde entier.
Avec Sasuke et Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école de ninjas de Konoha, un village caché, réussit avec brio le test de survie imposé par maître Kakashi.
Le détective lycéen Shinichi Kudo est contraint de prendre un pseudonyme, Conan Edogawa (combinaison de Conan Doyle et Edogawa Rampo, créateur du roman policier japonais), pour pousuivre son enquête s
La compétition pour le trône du monde magique bat son plein. L'amitié entre les deux sorcières vacille lorsque Vanilla tombe sous l'influence de Pierre, un beau garçon aux intentions troubles.
Naruto, Sasuke et Sakura ont réussi la deuxième épreuve. Ils se préparent pour la troisième. Mais avant, il y a une présélection. Kabuto déclare forfait.