Mitsuha a grandi dans une famille japonaise traditionnelle. Elle s'ennuie dans sa vie à la montagne et rêve de connaître le rythme trépidant d'une grande ville. Taki, lui, vit à Tokyo.
Jiro est un ninja capable de communiquer avec les animaux. Il recueille un chat noir, Rago, qui s'avère être une créature surnaturelle poursuivie par des démons.