Cette nouvelle aventure démarre lorsqu'une cyber-attaque révèle l'identité de tous les agents britanniques sous couverture. Johnny English devient alors le dernier espoir des services secrets.
Donovan Chalmers, le PDG milliardaire d'une entreprise de technologie de pointe, fait appel à des mercenaires pour protéger un programme informatique très puissant, le Project 725.
Alors qu'ils traversent une forêt, Sacha et Pikachu découvrent un jeune garçon inconscient, Sammy, et le légendaire Pokémon Célébi, blessé. Les deux compagnons viennent du passé.
Dans la suite tant attendue du film familial au succès mondial, on retrouve un Paddington heureux, bien installé dans sa nouvelle famille à Londres, où il est devenu un membre populaire de la communau
Londres, 1946. Juliet Ashton, une jeune écrivaine en manque d'inspiration, reçoit une lettre d'un mystérieux membre du Club de littérature de Guernesey créé durant l'Occupation.