Au XIVe siècle à Barcelone, au temps de la Grande Peste et de l'Inquisition, la cathédrale de la mer, Santa Maria del Mar, est construite par le peuple.
Yakari part à la découverte des grandes plaines de l'ouest américain en compagnie de son fidèle poney Petit Tonnerre et de ses amis Arc-en-Ciel et Graine de Bison.
Le criminel le plus recherché du monde se rend mystérieusement à la police et offre ses services en dénonçant tous ceux avec qui il a collaboré sur ses crimes par le passé.
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Une nation de plus en plus nombreuse de singes évolués, dirigée par César, est menacée par un groupe d'humains qui a survécu au virus dévastateur qui s'est répandu dix ans plus tôt.