Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le coeur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques.
Après avoir échappé de justesse à une catastrophe ferroviaire, l'agent Ethan Hunt découvre que « L'Entité », une intelligence artificielle renégate, est dissimulée à bord d'un ancien sous-marin russe.