Nathan, un écolier ordinaire, trouve un yo-kai au cours d'une promenade dans la forêt. Ce dernier lui offre une montre magique qui révèle la présence de tous les yo-kai aux alentours.
Au sein du village de Konoha, Rock Lee est un ninja un peu particulier : il est incapable d'utiliser le ninjutsu. Mais ce léger handicap ne le décourage pas de devenir un jour un immense ninja.