Enfant, Kafka Hibino rêvait d'intégrer les Forces de Défense pour combattre les kaiju, d'effroyables monstres géants qui surgissent de nulle part pour attaquer la population.
Momo Ayase et Ken Takakura sont deux lycéens très différents. Si la première croit aux esprits, le second est persuadé de l'existence des extraterrestres.
Pour se débarrasser du terrible kaiju, Okarun a l'idée d'utiliser la technologie qui a servi à rebâtir la maison de Momo. Mais au moment de modeler la nanoskin, l'imagination lui fait défaut.