Octobre 1944, Auschwitz-Birkenau. Saul Ausländer est membre du Sonderkommando, ce groupe de prisonniers juifs isolé du reste du camp et forcé d'assister les nazis dans leur plan d'extermination.
Julien est professeur au collège. Jeune et volontaire, il essaie de créer du lien avec sa classe en prenant sous son aile quelques élèves, dont la timide Leslie.
A Sète, Fabienne, capitaine de police, passe la majeure partie de son temps à traquer les clandestins... Un jour, sa routine est perturbée par la mort d'une jeune femme, Olga...
En 1858, dans le quartier juif de Bologne, les soldats du Pape font irruption chez la famille Mortara. Sur ordre du cardinal, ils sont venus prendre Edgardo, leur fils de sept ans.