Plusieurs générations après le règne de César, les singes ont définitivement pris le pouvoir. Les humains, quant à eux, ont régressé à l'état sauvage et vivent en retrait.
Après avoir reçu une invitation inattendue de ses ancêtres, Vaiana entreprend un périple qui la conduira jusqu'aux eaux dangereuses situées aux confins des mers des îles du Pacifique.