1945 : au nord du Japon, dans la minuscule île de Shikotan, la vie s'organise entre la reconstruction et la peur d'une invasion par les forces américaines.
Nathan, un écolier ordinaire, trouve un Yo-kai au cours d'une promenade dans la forêt. Ce dernier lui offre une montre magique qui révèle la présence de tous les Yo-kai aux alentours.
Lors d'une promenade dans la nature, Nathan rencontre Whisper, un yo-kai qui lui offre une montre magique révélant la présence des yo-kai qui l'entourent.
Au sein du village de Konoha, Rock Lee est un ninja un peu particulier : il est incapable d'utiliser le ninjutsu. Mais ce léger handicap ne le décourage pas de devenir un jour un immense ninja.