Naruto, Sasuke et Sakura ont réussi la deuxième épreuve. Ils se préparent pour la troisième. Mais avant, il y a une présélection. Kabuto déclare forfait.
Dans le village caché de Konoha, Naruto, Sasuke et Sakura passent la deuxième épreuve de sélection des ninjas de moyenne classe dans la forêt de la mort.
Alors que Conan et ses amis s'apprêtent à assister à une avant-première privée de Yaiba, le vengeur masqué, un meurtre se produit. Le danger se rapproche mais Conan s'attache à résoudre l'enquête.
Yoh poursuit sa formation de shaman aux côtés d'Amidamaru, le samouraï centenaire. Une énorme comète vient de faire son apparition, annonçant l'avènement des Shaman Fight.