Les 100 sont vus désormais avec plus de considération, mais une secte menace d'éliminer toute trace de vie sur Terre. Glass et Wells font partie de ceux qu'ils ont capturés.
Le fantôme de Qin Shi Huang, premier empereur de Chine, s'est réveillé après le vol de la tête d'un soldat de l'armée de terre cuite qui protège sa tombe.
Alors qu'elle rentre d'un concert à Tokyo, Yuko est surprise par une succession d'éclairs étonnants. Pour Raïjin, il s'agit d'une manifestation de magie noire.
Les cinq héros et leurs compagnons sont prisonniers de la zone rouge. Pour s'échapper, ils vont devoir prendre des risques et éviter les créatures monstrueuses qui ne cessent de les harceler.