Dans un collège perdu au milieu des montagnes, les élèves sont confrontés à des phénomènes inquiétants. Chaque nuit une sorcière et des monstres maléfiques s'attaquent aux enfants.
Guillaume et ses camarades du Collège invisible vont voir un spectacle de magie, ce qui déclenche une cascade de péripéties et une plongée dans le passé.
Jules est reclus dans son appartement parisien. Sans nouvelles de ses parents, il assiste depuis sa fenêtre à la propagation d'une épidémie qui décime les habitants.
Stéphane est la fille d'un célèbre épidémiologiste lyonnais. Convaincue qu'il a survécu à l'épidémie, elle ne veut pas rejoindre le groupe d'adolescents qui s'organisent pour survivre.
La résistance contre les étranges mécas s'organise, Kane et Iida sont emmenés par leurs nouveaux compagnons dans une ancienne base abandonnée de l'armée.
De retour à la base après sa blessure, le fils du dictateur, Warner, doit contrôler ses soldats et réprimer toute forme de rébellion dans le secteur qu'il dirige.