Jules est reclus dans son appartement parisien. Sans nouvelles de ses parents, il assiste depuis sa fenêtre à la propagation d'une épidémie qui décime les habitants.
Stéphane est la fille d'un célèbre épidémiologiste lyonnais. Convaincue qu'il a survécu à l'épidémie, elle ne veut pas rejoindre le groupe d'adolescents qui s'organisent pour survivre.
Les sept mages sont sur les traces de la secte des gardiens du Livre dans lequel ils espèrent trouver des réponses à toutes leurs questions sur leurs pouvoirs.
Yoh poursuit sa formation de shaman aux côtés d'Amidamaru, le samouraï centenaire. Une énorme comète vient de faire son apparition, annonçant l'avènement des Shaman Fight.
Alex, Jie et Nephti ont sauvé le Koro, mais il n'est pas guéri et dépérit d'heure en heure. Les aventuriers doivent retrouver d'urgence l'alchimiste Avicenne qui pourra guérir le gardien.
Lors d'une visite au musée du Louvre, Alex est témoin de mystérieux phénomènes : Nephti, une jeune esclave égyptienne, s'échappe d'un portail de lumière, tandis que Jie, apprenti moine Shaolin, émerge