En quête de puissance, Sasuke s'élance sur Naruto, son ami le plus cher, avec une détermination redoutable, pour le tuer. C'est le choc entre l'Orbe Tourbillonnant et les Mille Oiseaux.
Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.