A Konoha, Boruto, le fils de Naruto, prépare l'examen qui lui permettra de passer ninja de moyenne classe. Il demande à Sasuke, le compagnon d'armes de son père, de l'accepter pour disciple.
Manipulé par Code, Jûbi évolue vers un shinju doté d'une conscience. De son côté, Boruto est de retour au village lorsque Mitsuki l'attaque. Quant à Sasuke, il est absorbé par un arbre.
Autrefois inséparable de son père, le jeune forgeron Chihiro était un garçon taciturne. Leur vie paisible a basculé lors d'un tragique événement qui a brisé leur lien et ensanglanté leur bonheur.
Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.