Manipulé par Code, Jûbi évolue vers un shinju doté d'une conscience. De son côté, Boruto est de retour au village lorsque Mitsuki l'attaque. Quant à Sasuke, il est absorbé par un arbre.
Deux ans ont passé. Sa formation avec Jiraya achevée, c'est un Naruto plus fort et plein d'assurance qui revient au village de Konoha. Mais la joie des retrouvailles est de courte durée.